很久以前，地狱的芭罗慈遗迹被成功的封印了。如果那个封印被解除拥有灭世之力的上古地狱阎魔兽扎伊古将复活。邪恶之力蠢蠢欲动。为了阻止这一切，天空大地等特殊防卫队的队员和考古学家玉城有司前往遗迹一探究竟。

《银河·奥特曼S》为《银河·奥特曼》的续作。全新TV剧情，共16集。片名中的"S"为"Storium"的首字母，指的是银河奥特曼在本作中获得的新形态——银河奥特曼斯特利姆。银河·奥特曼仍然是本作的主角。此外，片中将会有新的奥特英雄登场，他的名字是——维克特利·奥特曼。