为了更好的对方地球人以及阿东阿南为首的特卫队，沙林启用了被地球人遗弃的开矿机器人，被给与他们的新的生命体，而这群机器人中为首的，就是天灾。天灾被地球人遗弃后，在北极意外也获得了部分起源魔石的能量。天灾为了报复自己被地球人抛弃，死心踏地的为沙林卖命，并为沙林献上一条阴谋诡计，就是故意向阿东阿南挑战，并乘机抓住污染星公主，把所有的特卫队员都引入到他们的飞船里，准备把阿东阿南一网打尽。最后的决战，到底谁会获胜呢？！

游城十代在前往deueru学术高中的入学考试的途中与传说中挑战者武藤游戏戏剧性的相遇，并接受了1张卡片。但十代因此而迟到错过了考试。为此十代恳求cronos教授让他同过考试之后就展开了挑战者之路。本作品是继承了动画《游戏王－怪兽之决斗》世界观的新系列第2部。男主角从原作的武藤游戏更换为游城十代，一些基础设定也焕然一新。但舞台与《游戏王－怪兽之决斗》是同一个世界，前作的登场人物也有数名登场。